Drug Sensitivity and Clonal Evolution Under Targeted Treatment of High-Risk Neuroblastoma - Inserm - Institut national de la santé et de la recherche médicale Accéder directement au contenu
Thèse Année : 2021

Drug Sensitivity and Clonal Evolution Under Targeted Treatment of High-Risk Neuroblastoma

Etude de la sensibilité aux drogues et de l'évolution clonale sous thérapies ciblées du neuroblastome de haut risque

Irène Jiménez
  • Fonction : Auteur
  • PersonId : 1146034
  • IdRef : 256500703

Résumé

Neuroblastoma is the most common extracranial solid tumor in childhood. From a clinical point of view, it is characterized by extremely high clinical diversity, ranging from cases with a very good prognosis to high-risk forms with 5-year survival around 50% despite very intensive treatments. The clinical behavior of the disease is deeply linked to the biology of the tumor. Few recurrent genetic abnormalities have been described, the most frequent affecting MYCN, ALK, TERT or ATRX genes. From a molecular point of view, neuroblastoma is one of the most heterogeneous tumors, with clones characterized by specific genetic abnormalities. The behavior of these clones determines the course of the disease.High-risk neuroblastoma (HR-NB) remains a challenge for clinicians. It is therefore crucial to improve our knowledge of the main difficulties that physicians face in the management of these patients: tumor relapse and treatment resistance. To achieve this, first it is imperative to explore new treatment strategies, presumably in combination, to overcome treatment resistance, both primary and acquired. Based on the emergent personalized medicine approaches in pediatric oncology, the use of in vitro high-throughput drug screenings enable the study of molecularly-matched targeted drug therapies, or the discovery of non-predicted treatment responses. We were able to validate this approach in a group of 6 cell lines (with 2 neuroblastoma lines) carrying specific genetic targetable abnormalities: in all cell lines, at least one therapeutic class predicted to be active for a given genetic abnormality was confirmed. We explored this approach ex vivo using 6 HR-NB patient-derived xenografts (PDXs) models screened with a drug library including drugs from different therapeutic classes. This allowed us to show that all of the different HR-NB PDX models screened showed particular sensitivity to HDAC inhibitors. Second, from a therapeutic perspective, we need to better understand the processes of intratumor heterogeneity that lead to clonal evolution in order to isolate the clones that would be able to determine the behavior of the tumor, in particular treatment resistance. Using 6 different HR-NB PDX models, the study of the clonal evolution of HR-NB under targeted treatment allowed us to show that changes occur in tumor cells under treatment, with evolution of subclones and emergence of new mutations. Third, all of this opens the door to targeted treatments, not only second, but especially first line. As only few strong biomarkers have been described to predict tumor treatment response and ALK aberrations are among them, we explored the ex vivo and in vivo efficacy of ALK inhibitors, alone and in combination, in 4 ALK aberrant HR-NB PDXs. The specific combination of lorlatinib (ALK inhibitor) and idasanutline (MDM2 inhibitor) showed impressive synergy in an amplified ALK model. In conclusion, this work represents a new approach for the study treatment resistance mechanisms as well as therapeutic sensitivity of neuroblastoma, which has the ultimate goal of improving the therapeutic strategies of children with this poor prognosis disease. We were able to demonstrate, by ex vivo high-throughput drug screening, the particular cytotoxicity of HDAC inhibitors in HR-NB. In addition, we could decipher the genetic events underlying the clonal evolution of HR-NB after targeted therapy. Finally, the lorlatinib+idasanutline combination brings hope for the therapeutic approach of ALK-aberrant NB.
Le neuroblastome (NB) est la tumeur solide extra crânienne la plus fréquente de l'enfance. Du point de vue clinique, elle se caractérise par une diversité clinique extrêmement importante, allant de cas de très bon pronostic à des formes dites de haut risque dont la survie à 5 ans ne va pas au-delà de 50% malgré des traitements très intensifs. Le comportement clinique de la maladie est profondément lié à la biologie de la tumeur. Peu d’anomalies génétiques ont été décrites de façon récurrente, les plus fréquentes affectant les gènes MYCN, ALK, TERT ou ATRX. Il s’agit d’une des tumeurs les plus hétérogènes du point de vue moléculaire, avec des clones caractérisés par des anomalies génétiques propres, dont le comportement détermine l’évolution de la maladie. Le NB de haut risque (NB-HR) reste un défi pour les cliniciens. Ainsi, il est crucial d’approfondir notre compréhension des principales difficultés auxquelles sont confrontés les cliniciens dans la prise en charge de ces patients: la rechute tumorale et la résistance aux traitements. Pour y parvenir, il est d’abord impératif d'explorer de nouvelles stratégies de traitement, probablement en combinaison, pour surmonter la résistance au traitement, à la fois primaire et acquise. Sur la base des approches de médecine personnalisée émergentes en oncologie pédiatrique, l'utilisation in vitro de criblages de drogues à haut débit permet l'étude de thérapies ciblées basées sur le profil moléculaire de la tumeur ou la découverte de réponses thérapeutiques non prédites. Nous avons pu valider cette approche dans un groupe de 6 lignées cellulaires (dont 2 lignées de NB) portant des anomalies génétiques ciblables propres : chez toutes les lignées, au moins une classe thérapeutique de drogues prédite comme active a été confirmée. Nous avons exploré cette approche ex vivo dans 13 modèles de xénogreffes dérivées de patients (PDXs) de NB-HR en utilisant une librairie de drogues incluant différentes classes thérapeutiques. Cela nous a permis de montrer que l’ensemble des différents modèles de PDX criblés montrent une sensibilité particulière aux HDAC inhibiteurs. Deuxièmement, dans une perspective thérapeutique, il est indispensable de mieux comprendre les processus d'hétérogénéité intratumorale qui conduisent à l’évolution clonale afin d’isoler les clones qui seraient susceptibles de déterminer le comportement de la tumeur, notamment la résistance au traitement. En utilisant 6 différents modèles de PDX de NB-HR, l’étude de l’évolution clonale du NB-HR risque sous traitement ciblé nous a permis de montrer que des modifications surviennent dans les cellules tumorales sous traitement, avec évolution des sous-clones et apparition de nouvelles mutations. Troisièmement, tout cela ouvre une porte aux traitements ciblés, non seulement de deuxième, mais spécialement de première ligne. Seuls quelques biomarqueurs puissants ont été décrits pour prédire la réponse aux traitements, dont les anomalies du gène ALK. Nous avons exploré l'efficacité ex vivo et in vivo des inhibiteurs de ALK, seuls et en combinaison, dans 4 modèles PDX de NB-HR comportant une anomalie de ALK. La combinaison spécifique de lorlatinib (inhibiteur de ALK) et idasanutline (inhibiteur de MDM2) a montré une synergie spectaculaire dans un modèle ALK amplifié. En conclusion, ce travail représente une nouvelle approche à l’étude de la résistance ainsi que la sensibilité aux traitements du NB-HR, qui a pour but ultime d’améliorer les stratégies thérapeutiques des enfants atteints de cette maladie. Nous avons pu mettre en évidence ex vivo par criblage de drogues à haut débit la cytotoxicité particulière des HDAC inhibiteurs dans le NB-HR. De plus, nous avons pu déchiffrer des événement génétiques sous-jacents à l’évolution clonale du NB-HR après traitement ciblé. Finalement, la combinaison lorlatinib+idasanutline apporte de l’espoir pour l’approche thérapeutique des NB avec des anomalies de ALK.
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Origine : Version validée par le jury (STAR)

Dates et versions

tel-03712009 , version 1 (02-07-2022)

Identifiants

  • HAL Id : tel-03712009 , version 1

Citer

Irène Jiménez. Drug Sensitivity and Clonal Evolution Under Targeted Treatment of High-Risk Neuroblastoma. Cancer. Université Paris-Saclay, 2021. English. ⟨NNT : 2021UPASL046⟩. ⟨tel-03712009⟩
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