P. V. Afonine, B. P. Klaholz, N. W. Moriarty, B. K. Poon, O. V. Sobolev et al., Acta Cryst, vol.74, pp.814-840, 2018.

P. V. Afonine, B. K. Poon, R. J. Read, O. V. Sobolev, T. C. Terwilliger et al., Acta Cryst, vol.74, pp.531-544, 2018.

L. Andronov, J. Michalon, K. Ouararhni, I. Orlov, A. Hamiche et al., Bioinformatics, vol.34, pp.3004-3012, 2018.

L. Andronov, K. Ouararhni, I. Stoll, B. P. Klaholz, and A. Hamiche, Nat. Commun, vol.10, p.4436, 2019.

A. Brown, F. Long, R. A. Nicholls, J. Toots, P. Emsley et al., Acta Cryst, vol.71, pp.136-153, 2015.

B. T. Burnley, P. V. Afonine, P. D. Adams, and P. Gros, , p.311, 2012.

G. Cardone, J. B. Heymann, and A. C. Steven, J. Struct. Biol, vol.184, pp.226-236, 2013.

S. A. Coulocheri, D. G. Pigis, K. A. Papavassiliou, and A. G. Papavassiliou, Biochimie, vol.89, pp.1291-1303, 2007.

W. Delano, , 2002.

P. Emsley, B. Lohkamp, W. G. Scott, and K. Cowtan, Acta Cryst, vol.66, pp.486-501, 2010.

C. F. Hryc, D. Chen, P. V. Afonine, J. Jakana, Z. Wang et al., Proc. Natl Acad. Sci. USA, vol.114, pp.3103-3108, 2017.

S. L. Ilca, A. Kotecha, X. Sun, M. M. Poranen, D. I. Stuart et al., Nat. Commun, vol.6, p.8843, 2015.

A. J. Jakobi, M. Wilmanns, C. ;. Sachse, H. Ro, A. Bharda et al., eLife, 6, e27131, Protein J, 2017.

L. Y. Kim, W. J. Rice, E. T. Eng, M. Kopylov, A. Cheng et al., Front. Mol. Biosci, vol.5, p.50, 2018.

B. Klaholz and D. Moras, Structure, vol.10, pp.1197-1204, 2002.

B. P. Klaholz, Open J. Stat, vol.5, pp.820-836, 2015.

B. P. Klaholz, A. G. Myasnikov, and M. Van-heel, Nature, vol.427, pp.862-865, 2004.

A. Kucukelbir, F. J. Sigworth, and H. D. Tagare, Nat. Methods, vol.11, pp.63-65, 2014.

N. B. Leontis and E. Westhof, RNA, vol.7, pp.499-512, 2001.

O. Loeffelholz, S. K. Natchiar, N. Djabeur, A. G. Myasnikov, H. Kratzat et al., , 2017.

, Curr. Opin. Struct. Biol, vol.46, pp.140-148

D. Lyumkis, A. F. Brilot, D. L. Theobald, and N. Grigorieff, J. Struct. Biol, vol.183, pp.377-388, 2013.

D. Liebschner, P. V. Afonine, M. L. Baker, G. Bunkoczi, V. B. Chen et al., Acta Cryst, vol.75, pp.861-877, 2019.

S. Malhotra, S. Trä-ger, M. Dal-peraro, and M. Topf, Curr. Opin. Struct. Biol, vol.58, pp.105-114, 2019.

T. Nakane, D. Kimanius, E. Lindahl, and S. H. Scheres, , p.36861, 2018.

S. K. Natchiar, A. G. Myasnikov, H. Kratzat, I. Hazemann, and B. P. Klaholz, Nature, vol.551, pp.472-477, 2017.

S. K. Natchiar, A. Myasnikov, H. Kratzat, I. Hazemann, and B. Klaholz, Protoc. Exch, 2017.

J. Ognjenovi?, R. Grisshammer, and S. Subramaniam, Annu. Rev. Biomed. Eng, vol.21, pp.395-415, 2019.

E. V. Orlova and H. R. Saibil, Methods Enzymol, vol.482, pp.321-341, 2010.

E. V. Orlova and H. R. Saibil, Chem. Rev, vol.111, pp.7710-7748, 2011.

I. Orlov, C. Hemmer, L. Ackerer, B. Lorber, A. Ghannam et al., , 2019.

I. Orlov, A. G. Myasnikov, L. Andronov, S. K. Natchiar, H. Khatter et al., Biol. Cell, vol.109, pp.81-93, 2017.

P. A. Penczek, J. Frank, and C. M. Spahn, J. Struct. Biol, vol.154, pp.184-194, 2006.

G. Pintilie and W. Chiu, J. Struct. Biol, vol.204, pp.564-571, 2018.

E. Ramírez-aportela, J. L. Vilas, A. Glukhova, R. Melero, P. Conesa et al., , 2019.

, Bioinformatics

M. Schaffer, S. Pfeffer, J. Mahamid, S. Kleindiek, T. Laugks et al., Nat. Methods, vol.16, pp.757-762, 2019.

S. H. Scheres, Methods Enzymol, vol.482, pp.295-320, 2010.

F. K. Schur, M. Obr, W. J. Hagen, W. Wan, A. J. Jakobi et al., Science, vol.353, pp.506-508, 2016.

M. Serna, Front. Mol. Biosci, vol.6, p.33, 2019.

A. Simonetti, S. Marzi, A. Fabbretti, I. Hazemann, L. Jenner et al., Acta Cryst, vol.69, pp.925-933, 2013.

O. S. Smart, T. O. Womack, C. Flensburg, P. Keller, W. Paciorek et al., Acta Cryst, vol.68, pp.368-380, 2012.

H. Stark and A. Chari, Microscopy (Tokyo), vol.65, pp.23-34, 2016.

J. Wang and P. B. Moore, Protein Sci, vol.26, pp.122-129, 2017.

J. Wang, S. K. Natchiar, A. G. Myasnikov, I. Hazemann, P. B. Moore et al., , 2019.

H. E. White, H. R. Saibil, A. Ignatiou, and E. V. Orlova, J. Mol. Biol, vol.336, pp.453-460, 2004.

A. Wlodawer, M. Li, and Z. Dauter, Structure, vol.25, pp.1-9, 2017.