P. D. Adams, Acta Cryst, vol.66, pp.213-221, 2010.

P. Afanasyev, C. Seer-linnemayr, R. B. Ravelli, R. Matadeen, S. De-carlo et al., IUCrJ, vol.4, pp.678-694, 2017.

P. V. Afonine, R. W. Grosse-kunstleve, P. D. Adams, and A. Urzhumtsev, Acta Cryst, vol.69, pp.625-634, 2013.

P. V. Afonine, R. W. Grosse-kunstleve, V. B. Chen, J. J. Headd, N. W. Moriarty et al., J. Appl. Cryst, vol.43, pp.669-676, 2010.

P. V. Afonine, J. J. Headd, T. C. Terwilliger, and P. D. Adams, Comput. Crystallogr. Newsl, vol.4, pp.43-44, 2013.

P. V. Afonine, N. W. Moriarty, M. Mustyakimov, O. V. Sobolev, T. C. Terwilliger et al., , 2015.

, Acta Cryst, vol.71, pp.646-666

P. V. Afonine, B. K. Poon, R. J. Read, O. V. Sobolev, T. C. Terwilliger et al., Acta Cryst, vol.74, pp.531-544, 2018.

P. V. Afonine and A. Urzhumtsev, Acta Cryst, vol.60, pp.19-32, 2004.

K. E. Atkinson, An Introduction to Numerical Analysis, 1989.

B. A. Barad, N. Echols, R. Y. Wang, . .-r, Y. Cheng et al., Nature Methods, vol.12, pp.943-946, 2015.

H. M. Berman, J. Westbrook, Z. Feng, G. Gilliland, T. N. Bhat et al., Nucleic Acids Res, vol.28, pp.235-242, 2000.

F. C. Bernstein, T. F. Koetzle, G. J. Williams, E. F. Meyer, . Jr et al., J. Mol. Biol, vol.112, pp.535-542, 1977.

T. N. Bhat and G. H. Cohen, J. Appl. Cryst, vol.17, pp.244-248, 1984.

C. Brä-ndé-n and T. A. Jones, Nature, vol.343, pp.472-475, 1990.

A. Brown, F. Long, R. A. Nicholls, J. Toots, P. Emsley et al., Acta Cryst, vol.71, pp.136-153, 2015.

G. Cardone, J. B. Heymann, and A. C. Steven, J. Struct. Biol, vol.184, pp.226-236, 2013.

G. Chang, C. B. Roth, C. L. Reyes, O. Pornillos, Y. Chen et al., Science, p.1875, 2006.

L. Chang, Z. Zhang, J. Yang, S. H. Mclaughlin, and D. Barford, Nature, vol.522, pp.450-454, 2015.

M. S. Chapman, Acta Cryst, vol.51, pp.69-80, 1995.

S. Chen, G. Mcmullan, A. R. Faruqi, G. N. Murshudov, J. M. Short et al., Ultramicroscopy, vol.135, pp.24-35, 2013.

V. B. Chen, W. B. Arendall, J. J. Headd, D. A. Keedy, R. M. Immormino et al., Acta Cryst, vol.66, pp.12-21, 2010.

. Afonine, Analysis and validation of cryo-EM maps and atomic models, Acta Cryst, vol.74, pp.814-840, 2018.
URL : https://hal.archives-ouvertes.fr/inserm-02409756

W. Chiu, J. Holton, P. Langan, N. K. Sauter, I. Schlichting et al., , 2017.

, Acta Cryst, vol.73, pp.381-383

F. Coscia, L. F. Estrozi, F. Hans, H. Malet, M. Noirclerc-savoye et al., Sci. Rep, vol.6, p.30909, 2016.

W. L. Delano, , 2002.

G. Deptuch, A. Besson, P. Rehak, M. Szelezniak, J. Wall et al., Ultramicroscopy, vol.107, pp.674-684, 2007.

R. Diamond, Acta Cryst, vol.27, pp.436-452, 1971.

F. Dimaio, M. D. Tyka, M. L. Baker, W. Chiu, and D. Baker, J. Mol. Biol, vol.392, pp.181-190, 2009.

P. R. Evans and G. N. Murshudov, Acta Cryst, vol.69, pp.1204-1214, 2013.

A. R. Faruqi, D. M. Cattermole, R. Henderson, B. Mikulec, and C. Raeburn, Ultramicroscopy, vol.94, pp.263-276, 2003.

J. Frank, Three-Dimensional Electron Microscopy of Macromolecular Assemblies, 2006.

T. D. Goddard, C. C. Huang, E. C. Meng, E. F. Pettersen, G. S. Couch et al., Protein Sci, vol.27, pp.14-25, 2018.

S. Gore, S. Velankar, and G. J. Kleywegt, Acta Cryst, vol.68, pp.478-483, 2012.

R. W. Grosse-kunstleve and P. D. Adams, J. Appl. Cryst, vol.35, pp.477-480, 2002.

R. W. Grosse-kunstleve, N. K. Sauter, and P. D. Adams, IUCr Comput. Comm. Newsl, vol.3, pp.22-31, 2004.

G. Harauz and M. Van-heel, Optik, vol.73, pp.146-156, 1986.

J. J. Headd, N. Echols, P. V. Afonine, R. W. Grosse-kunstleve, V. B. Chen et al., Acta Cryst, vol.68, pp.381-390, 2012.

M. Heel and . Van, Ultramicroscopy, vol.21, pp.95-100, 1987.

M. Heel and . Van, Proc. Natl Acad. Sci. USA, vol.110, pp.4175-4177, 2013.

M. Heel, . Van, W. Keegstra, W. Schutter, and E. F. Van-bruggen, The Structure and Function of Invertebrate Respiratory Proteins, pp.69-73, 1982.

M. Heel and M. Schatz, J. Struct. Biol, vol.151, pp.250-262, 2005.

M. Heel and M. Schatz, , 2017.

R. Henderson, Proc. Natl Acad. Sci. USA, vol.110, pp.18037-18041, 2013.

R. Henderson, Structure, vol.20, pp.205-214, 2012.

M. A. Herzik, J. Fraser, and G. C. Lander, , p.128561, 2017.

J. B. Heymann and D. M. Belnap, J. Struct. Biol, vol.157, pp.3-18, 2007.

A. Hodel, S. Kim, and A. T. Brü-nger, Acta Cryst, vol.48, pp.851-858, 1992.

C. F. Hryc, D. Chen, P. A. Afonine, J. Jakana, Z. Wang et al., Proc. Natl Acad. Sci. USA, vol.114, pp.3103-3108, 2017.

A. J. Jakobi, M. Willmanns, C. ;. Sachse, B. J. Janssen, R. J. Read et al., Elife, 6, e27131, Nature, vol.448, pp.1-2, 2007.

M. Jaskolski, M. Gilski, Z. Dauter, and A. Wlodawer, Acta Cryst, vol.63, pp.611-620, 2007.

M. Jaskolski, M. Gilski, Z. Dauter, and A. Wlodawer, Acta Cryst, vol.63, pp.1282-1283, 2007.

J. Jiang and A. T. Brü-nger, J. Mol. Biol, vol.243, pp.100-115, 1994.

T. A. Jones, J. Zou, S. W. Cowan, and M. Kjeldgaard, Acta Cryst, vol.47, pp.110-119, 1991.

A. P. Joseph, I. Lagerstedt, A. Patwardhan, M. Topf, and M. Winn, J. Struct. Biol, vol.199, pp.12-26, 2017.

P. A. Karplus and K. Diederichs, Science, vol.336, pp.1030-1033, 2012.

P. A. Karplus, M. V. Shapovalov, R. L. Dunbrack, and D. S. Berkholz, Acta Cryst, vol.64, pp.335-336, 2008.

G. J. Kleywegt, Acta Cryst, vol.56, pp.249-265, 2000.

G. J. Kleywegt and T. A. Jones, Structure, vol.3, pp.535-540, 1995.

A. F. Kucukelbir, F. J. Sigworth, and H. D. Tagare, Nature Methods, vol.11, pp.63-65, 2014.

W. Kü-hlbrandt, Science, vol.343, pp.1443-1444, 2014.

M. Lakshminarasimhan, P. Madzelan, R. Nan, N. M. Milkovic, and M. A. Wilson, J. Biol. Chem, vol.285, pp.29651-29661, 2010.

P. T. Lang, J. M. Holton, J. S. Fraser, and T. Alber, Proc. Natl Acad. Sci. USA, vol.111, pp.237-242, 2014.

P. T. Lang, H. L. Ng, J. S. Fraser, J. E. Corn, N. Echols et al., Protein Sci, vol.19, pp.1420-1431, 2010.

C. L. Lawson, Nucleic Acids Res, vol.39, pp.456-464, 2011.

H. Y. Liao and J. Frank, Structure, vol.18, pp.768-775, 2010.

O. Loeffelholz, S. K. Natchiar, N. Djabeur, A. G. Myasnikov, H. Kratzat et al., , 2017.

, Curr. Opin. Struct. Biol, vol.46, pp.140-148

V. Y. Lunin and M. M. Woolfson, Acta Cryst, vol.49, pp.530-533, 1993.

A. Malhotra, P. Penczek, R. K. Agrawal, I. S. Gabashvili, R. A. Grassucci et al., J. Mol. Biol, vol.280, pp.103-116, 1998.

Y. Mao, L. R. Castillo-menendez, and J. G. Sodroski, Proc. Natl Acad. Sci. USA, vol.110, pp.4178-4182, 2013.
URL : https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00918492

A. Merk, A. Bartesaghi, S. Banerjee, V. Falconieri, P. Rao et al., Cell, vol.165, pp.1698-1707, 2016.

A. C. Milazzo, P. Leblanc, F. Duttweiler, L. Jin, J. C. Bouwer et al., Ultramicroscopy, vol.104, pp.152-159, 2005.

N. W. Moriarty, Comput. Crystallogr. Newsl, vol.6, p.26, 2015.

A. J. Morffew and D. S. Moss, Acta Cryst, vol.39, pp.196-199, 1983.

P. Neumann, A. Dickmanns, and R. Ficner, Structure, vol.26, pp.785-795, 2018.

T. H. Nguyen, W. P. Galej, X. Bai, C. Oubridge, A. J. Newman et al., Nature, vol.530, pp.298-302, 2016.

I. Orlov, Biol. Cell, vol.109, pp.1-13, 2017.

P. A. Penczek, Methods Enzymol, vol.482, pp.73-100, 2010.

L. Peng, Acta Cryst, vol.54, pp.481-485, 1998.

L. Peng, G. Ren, S. L. Dudarev, and M. J. Whelan, Acta Cryst, vol.52, pp.257-276, 1996.

G. Pintilie, D. Chen, C. A. Haase-pettingell, J. A. King, and W. Chiu, Biophys. J, vol.110, pp.827-839, 2016.

G. Pintilie and W. Chiu, Biopolymers, vol.97, pp.742-760, 2012.

G. N. Ramachandran, C. Ramakrishnan, and V. Sasisekharan, J. Mol. Biol, vol.7, pp.95-99, 1963.

R. J. Read, Acta Cryst, vol.42, pp.140-149, 1986.

R. J. Read, Structure, vol.19, pp.1395-1412, 2011.

L. M. Rice, Y. Shamoo, and A. T. Brü-nger, J. Appl. Cryst, vol.31, pp.798-805, 1998.

P. B. Rosenthal and R. Henderson, J. Mol. Biol, vol.333, pp.721-745, 2003.

P. B. Rosenthal and J. L. Rubinstein, Curr. Opin. Struct. Biol, vol.34, pp.135-144, 2015.

B. Rupp, Biomolecular Crystallography, 2010.

W. O. Saxton and W. Baumeister, J. Microsc, vol.127, pp.127-138, 1982.

C. O. Sorzano, J. Vargas, J. Otó-n, V. Abrishami, J. M. De-la-rosa-trevín et al., AIMS Biophys, vol.2, pp.8-20, 2015.

B. Stec, Acta Cryst, vol.63, pp.1113-1114, 2007.

S. Subramaniam, Proc. Natl Acad. Sci. USA, vol.110, pp.4172-4174, 2013.

T. C. Terwilliger, R. W. Grosse-kunstleve, P. V. Afonine, P. D. Adams, N. W. Moriarty et al., Acta Cryst, vol.63, pp.597-610, 2007.

T. C. Terwilliger, O. V. Sobolev, P. V. Afonine, and P. D. Adams, Acta Cryst, vol.74, pp.545-559, 2018.

I. J. Tickle, Acta Cryst, vol.63, pp.1274-1281, 2007.

I. J. Tickle, Acta Cryst, vol.68, pp.454-467, 2012.

A. G. Urzhumtsev, Jnt CCP4/ESF-EACBM Newsl. Protein Crystallogr, vol.27, pp.31-32, 1992.

A. Urzhumtsev, P. V. Afonine, V. Y. Lunin, T. C. Terwilliger, and P. D. Adams, Acta Cryst, vol.70, pp.2593-2606, 2014.

L. Urzhumtseva, P. V. Afonine, P. D. Adams, and A. Urzhumtsev, Acta Cryst, vol.65, pp.297-300, 2009.

L. Urzhumtseva, B. Klaholz, and A. Urzhumtsev, Acta Cryst, vol.69, pp.1921-1934, 2013.

N. Volkmann, Acta Cryst, vol.65, pp.679-689, 2009.

J. Wang and P. B. Moore, Protein Sci, vol.26, pp.122-129, 2017.

J. R. Whicher and R. Mackinnon, Science, vol.353, pp.664-669, 2016.

A. Wlodawer and Z. Dauter, Acta Cryst, vol.73, pp.379-380, 2017.

A. Wlodawer, W. Minor, Z. Dauter, and M. Jaskolski, FEBS J, vol.275, pp.1-21, 2008.

K. Yonekura, R. Matsuoka, Y. Yamashita, T. Yamane, M. Ikeguchi et al., IUCrJ, vol.5, pp.348-353, 2018.

J. Y. Young, Structure, vol.25, pp.536-545, 2017.

Z. Zhang and J. Chen, Cell, vol.167, pp.1586-1597, 2016.