Improving the Performance of Somatic Mutation Identification by Recovering Circulating Tumor DNA Mutations

Yu Fu; Cécile Jovelet; Thomas Filleron; Marion Pedrero; Nelly Motté; Yannick Boursin; Yufei Luo; Christophe Massard; Mario Campone; Christelle Levy; Véronique Diéras; Thomas Bachelot; Julie Garrabey; Jean-Charles Soria; Ludovic Lacroix; Fabrice André; Celine Lefebvre

doi:10.1158/0008-5472.CAN-15-3457

Improving the Performance of Somatic Mutation Identification by Recovering Circulating Tumor DNA Mutations

Yu Fu ¹ Cécile Jovelet ² Thomas Filleron ³ Marion Pedrero ⁴ Nelly Motté ² Yannick Boursin ⁵ Yufei Luo ⁵ Christophe Massard ⁴ Mario Campone ^{6, 7} Christelle Levy ⁸ Véronique Diéras ⁹ Thomas Bachelot ¹⁰ Julie Garrabey ¹¹ Jean-Charles Soria ^{4, 1} Ludovic Lacroix ^{1, 2} Fabrice André ¹ Celine Lefebvre ^{1, *}

* Auteur correspondant

1 U981 - Biomarqueurs prédictifs et nouvelles stratégies moléculaires en thérapeutique anticancéreuse

2 Labo RT - Laboratoire de recherche translationnelle

Direction de la recherche [Gustave Roussy]

3 Institut Claudius Regaud

4 DITEP - Département d’Innovation Thérapeutique et essais précoces [Gustave Roussy]

5 Plateforme de Bioinformatique

AMMICa - Analyse moléculaire, modélisation et imagerie de la maladie cancéreuse

6 ICO Nantes - Institut de cancérologie de l'Ouest - Nantes

7 CRCNA - Centre de Recherche en Cancérologie / Nantes - Angers

8 Département d'Oncologie Médicale

9 Institut Curie

10 CRCL - Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon

11 FNCLCL/UNICANCER - Fédération Nationale des Centres de Lutte Contre le Cancer

Abstract : DNA extracted from cancer patients' whole blood may contain somatic mutations from circulating tumor DNA (ctDNA) fragments. In this study, we introduce cmDetect, a computational method for the systematic identification of ctDNA mutations using whole-exome sequencing of a cohort of tumor and corresponding peripheral whole-blood samples. Through the analysis of simulated data, we demonstrated an increase in sensitivity in calling somatic mutations by combining cmDetect to two widely used mutation callers. In a cohort of 93 breast cancer metastatic patients, cmDetect identified ctDNA mutations in 54% of the patients and recovered somatic mutations in cancer genes EGFR, PIK3CA, and TP53. We further showed that cmDetect detected ctDNA in 89% of patients with confirmed mutated cell–free tumor DNA by plasma analyses (n ¼ 9) within 46 pan-cancer patients. Our results prompt immediate consideration of the use of this method as an additional step in somatic mutation calling using whole-exome sequencing data with blood samples as controls .

Type de document :

Article dans une revue

Cancer Research, American Association for Cancer Research, 2016, 76, Epub ahead of print. 〈10.1158/0008-5472.CAN-15-3457〉

Domaine :

Sciences du Vivant [q-bio] / Bio-Informatique, Biologie Systémique [q-bio.QM]

Sciences du Vivant [q-bio] / Cancer

Liste complète des métadonnées

Littérature citée [26 références] Voir Masquer Télécharger

https://www.hal.inserm.fr/inserm-01377103
Contributeur : Celine Lefebvre <>
Soumis le : jeudi 6 octobre 2016 - 13:37:39
Dernière modification le : jeudi 7 février 2019 - 16:44:03

Improving the Performance of Somatic Mutation Identification by Recovering Circulating Tumor DNA Mutations

Fichier

Accès restreint

Identifiants

Collections

Citation

Exporter

Métriques

243

Contact

Improving the Performance of Somatic Mutation Identification by Recovering Circulating Tumor DNA Mutations

Fichier

Accès restreint

Identifiants

Collections

Citation

Exporter

Partager

Métriques

243

Contact