Improving the Performance of Somatic Mutation Identification by Recovering Circulating Tumor DNA Mutations

Yu Fu; Cécile Jovelet; Thomas Filleron; Marion Pedrero; Nelly Motté; Yannick Boursin; Yufei Luo; Christophe Massard; Mario Campone; Christelle Levy; Véronique Diéras; Thomas Bachelot; Julie Garrabey; Jean-Charles Soria; Ludovic Lacroix; Fabrice André; Celine Lefebvre

doi:10.1158/0008-5472.CAN-15-3457

Improving the Performance of Somatic Mutation Identification by Recovering Circulating Tumor DNA Mutations

Yu Fu ¹ Cécile Jovelet ² Thomas Filleron ³ Marion Pedrero ⁴ Nelly Motté ² Yannick Boursin ⁵ Yufei Luo ⁵ Christophe Massard ⁴ Mario Campone ^{6, 7} Christelle Levy ⁸ Véronique Diéras ⁹ Thomas Bachelot ¹⁰ Julie Garrabey ¹¹ Jean-Charles Soria ^{4, 1} Ludovic Lacroix ^{1, 2} Fabrice André ¹ Celine Lefebvre ^{1, *}

* Auteur correspondant

1 U981 - Biomarqueurs prédictifs et nouvelles stratégies moléculaires en thérapeutique anticancéreuse

2 Labo RT - Laboratoire de recherche translationnelle

Direction de la recherche [Gustave Roussy]

3 Institut Claudius Regaud

4 DITEP - Département d’Innovation Thérapeutique et essais précoces [Gustave Roussy]

5 Plateforme de Bioinformatique

AMMICa - Analyse moléculaire, modélisation et imagerie de la maladie cancéreuse

6 ICO Nantes - Institut de cancérologie de l'Ouest - Nantes

7 CRCNA - Centre de Recherche en Cancérologie / Nantes - Angers

8 Département d'Oncologie Médicale

9 Institut Curie

10 CRCL - Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon

11 FNCLCL/UNICANCER - Fédération Nationale des Centres de Lutte Contre le Cancer

Abstract : DNA extracted from cancer patients' whole blood may contain somatic mutations from circulating tumor DNA (ctDNA) fragments. In this study, we introduce cmDetect, a computational method for the systematic identification of ctDNA mutations using whole-exome sequencing of a cohort of tumor and corresponding peripheral whole-blood samples. Through the analysis of simulated data, we demonstrated an increase in sensitivity in calling somatic mutations by combining cmDetect to two widely used mutation callers. In a cohort of 93 breast cancer metastatic patients, cmDetect identified ctDNA mutations in 54% of the patients and recovered somatic mutations in cancer genes EGFR, PIK3CA, and TP53. We further showed that cmDetect detected ctDNA in 89% of patients with confirmed mutated cell–free tumor DNA by plasma analyses (n ¼ 9) within 46 pan-cancer patients. Our results prompt immediate consideration of the use of this method as an additional step in somatic mutation calling using whole-exome sequencing data with blood samples as controls .

Type de document :

Article dans une revue

Cancer Research, American Association for Cancer Research, 2016, 76, Epub ahead of print. 〈10.1158/0008-5472.CAN-15-3457〉

Domaine :

Sciences du Vivant [q-bio] / Bio-Informatique, Biologie Systémique [q-bio.QM]

Sciences du Vivant [q-bio] / Cancer

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http://www.hal.inserm.fr/inserm-01377103
Contributeur : Celine Lefebvre <>
Soumis le : jeudi 6 octobre 2016 - 13:37:39
Dernière modification le : vendredi 1 juin 2018 - 15:38:01

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