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Journal articles
OntoVIP: An ontology for the annotation of object models used for medical image simulation.
Bernard Gibaud
1, *
Germain Forestier
2
Hugues Benoit-Cattin
3
Frédéric Cervenansky
4
Patrick Clarysse
5
Denis Friboulet
3
Alban Gaignard
6
Patrick Hugonnard
7
Carole Lartizien
3
Hervé Liebgott
8
Johan Montagnat
6
Joachim Tabary
7
Tristan Glatard
3
*
Corresponding author
3
Images et Modèles
CREATIS - Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image pour la Santé
4
Service Informatique et développements
CREATIS - Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image pour la Santé
5
MOTIVATE - Imagerie et modélisation Vasculaires, Thoraciques et Cérébrales
CREATIS - Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image pour la Santé : 139739
6
Laboratoire d'Informatique, Signaux, et Systèmes de Sophia-Antipolis (I3S) / Equipe MODALIS
Laboratoire I3S - SPARKS - Scalable and Pervasive softwARe and Knowledge Systems
8
Imagerie Ultrasonore
CREATIS - Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image pour la Santé
Bernard Gibaud 1
Correspondent author
Germain Forestier 2
Author IdHAL : germain-forestier ORCID : https://orcid.org/0000-0002-4960-7554
Hugues Benoit-Cattin 3
Author IdHAL : hugues-benoit-cattin ResearcherId : http://www.researcherid.com/rid/H-4094-2014
Frédéric Cervenansky 4
Author IdHAL : frederic-cervenansky
Patrick Clarysse 5
Author IdHAL : patrick-clarysse ResearcherId : http://www.researcherid.com/rid/G-6371-2014 ORCID : https://orcid.org/0000-0002-5495-7655
Denis Friboulet 3
Author IdHAL : denisfriboulet ResearcherId : http://www.researcherid.com/rid/A-1804-2012 ORCID : https://orcid.org/0000-0002-9166-7964
Alban Gaignard 6
Author IdHAL : alban-gaignard ResearcherId : http://www.researcherid.com/rid/D-1333-2018 ORCID : https://orcid.org/0000-0002-3597-8557
Patrick Hugonnard 7
Author
Carole Lartizien 3
Author IdHAL : carole-lartizien ResearcherId : http://www.researcherid.com/rid/H-4447-2014 ORCID : https://orcid.org/0000-0001-7594-4231
Hervé Liebgott 8
Author IdHAL : herve-liebgott
Johan Montagnat 6
Author IdHAL : johan-montagnat
Joachim Tabary 7
Author
Tristan Glatard 3
Author
1
LTSI - Laboratoire Traitement du Signal et de l'Image (Campus Universitaire de Beaulieu - Bât 22 - 35042 Rennes - France)
- UR1 - Université de Rennes 1 (2 rue du Thabor - CS 46510 - 35065 Rennes cedex - France)
- UNIV-RENNES - Université de Rennes (France)
- INSERM - Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale : U1099 (101, rue de Tolbiac, 75013 Paris - France)
2
MIPS - Modélisation, Intelligence, Processus et Système (ENSISA 12, rue des frères Lumière 68093 Mulhouse - France)
- Ecole Nationale Supérieure d'Ingénieur Sud Alsace (France)
- Université de Haute-Alsace (UHA) - Université de Haute-Alsace (UHA) Mulhouse - Colmar (2, rue des Frères Lumière F-68093 Mulhouse Cedex - France)
- IUT de Colmar (34 rue Grillenbreit BP 50568 68008 COLMAR - France)
- IUT de Mulhouse (France)
3
Images et Modèles (France)
- CREATIS - Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image pour la Santé (7 avenue Jean Capelle, Bat Blaise Pascal, 69621 Villeurbanne Cedex - France)
- UJM - Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (10 rue Tréfilerie - 42100 Saint-Étienne - France)
- HCL - Hospices Civils de Lyon (3 Quai des Célestins 69002 Lyon - France)
- INSA Lyon - Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (20 Avenue Albert Einstein,
69621 Villeurbanne cedex - France)
- Université de Lyon (92 rue Pasteur - CS 30122, 69361 Lyon Cedex 07 - France)
- INSA - Institut National des Sciences Appliquées (France)
- UCBL - Université Claude Bernard Lyon 1 (43, boulevard du 11 novembre 1918, 69622 Villeurbanne cedex - France)
- Université de Lyon (92 rue Pasteur - CS 30122, 69361 Lyon Cedex 07 - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR5220 (France)
- INSERM - Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale : U1206 (101, rue de Tolbiac, 75013 Paris - France)
4
Service Informatique et développements (France)
- CREATIS - Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image pour la Santé (7 avenue Jean Capelle, Bat Blaise Pascal, 69621 Villeurbanne Cedex - France)
- UJM - Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (10 rue Tréfilerie - 42100 Saint-Étienne - France)
- HCL - Hospices Civils de Lyon (3 Quai des Célestins 69002 Lyon - France)
- INSA Lyon - Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (20 Avenue Albert Einstein,
69621 Villeurbanne cedex - France)
- Université de Lyon (92 rue Pasteur - CS 30122, 69361 Lyon Cedex 07 - France)
- INSA - Institut National des Sciences Appliquées (France)
- UCBL - Université Claude Bernard Lyon 1 (43, boulevard du 11 novembre 1918, 69622 Villeurbanne cedex - France)
- Université de Lyon (92 rue Pasteur - CS 30122, 69361 Lyon Cedex 07 - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR5220 (France)
- INSERM - Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale : U1206 (101, rue de Tolbiac, 75013 Paris - France)
5
MOTIVATE - Imagerie et modélisation Vasculaires, Thoraciques et Cérébrales (France)
- CREATIS - Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image pour la Santé : 139739 (7 avenue Jean Capelle, Bat Blaise Pascal, 69621 Villeurbanne Cedex - France)
- UJM - Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (10 rue Tréfilerie - 42100 Saint-Étienne - France)
- HCL - Hospices Civils de Lyon (3 Quai des Célestins 69002 Lyon - France)
- INSA Lyon - Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (20 Avenue Albert Einstein,
69621 Villeurbanne cedex - France)
- Université de Lyon (92 rue Pasteur - CS 30122, 69361 Lyon Cedex 07 - France)
- INSA - Institut National des Sciences Appliquées (France)
- UCBL - Université Claude Bernard Lyon 1 (43, boulevard du 11 novembre 1918, 69622 Villeurbanne cedex - France)
- Université de Lyon (92 rue Pasteur - CS 30122, 69361 Lyon Cedex 07 - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR5220 (France)
- INSERM - Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale : U1206 (101, rue de Tolbiac, 75013 Paris - France)
6
Laboratoire d'Informatique, Signaux, et Systèmes de Sophia-Antipolis (I3S) / Equipe MODALIS (France)
- Laboratoire I3S - SPARKS - Scalable and Pervasive softwARe and Knowledge Systems (Laboratoire I3S
CS 40121
06903 Sophia Antipolis Cedex - France)
- I3S - Laboratoire d'Informatique, Signaux, et Systèmes de Sophia Antipolis (2000, route des Lucioles - Les Algorithmes - bât. Euclide B 06900 Sophia Antipolis - France)
- UNS - Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (Parc Valrose - BP 2135 - 06103 Nice cedex 2 - France)
- COMUE UCA - COMUE Université Côte d'Azur (2015 - 2019) (Parc Valrose, 28 avenue Valrose 06108 Nice Cedex 2 - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR7271 (France)
- UCA - Université Côte d'Azur (Parc Valrose, 28 avenue Valrose 06108 Nice Cedex 2 - France)
- UNS - Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (Parc Valrose - BP 2135 - 06103 Nice cedex 2 - France)
- I3S - Laboratoire d'Informatique, Signaux, et Systèmes de Sophia Antipolis (2000, route des Lucioles - Les Algorithmes - bât. Euclide B 06900 Sophia Antipolis - France)
7
CEA-LETI - Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives - Laboratoire d'Electronique et de Technologie de l'Information (MINATEC 17, rue des Martyrs, 38054, Grenoble Cedex 9 - France)
- DRT (CEA) - Direction de Recherche Technologique (CEA) : DRT (France)
- CEA - Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives : DRT (Centre de Saclay Centre de Grenoble Centre de Cadarache etc - France)
8
Imagerie Ultrasonore (France)
- CREATIS - Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image pour la Santé (7 avenue Jean Capelle, Bat Blaise Pascal, 69621 Villeurbanne Cedex - France)
- UJM - Université Jean Monnet [Saint-Étienne] (10 rue Tréfilerie - 42100 Saint-Étienne - France)
- HCL - Hospices Civils de Lyon (3 Quai des Célestins 69002 Lyon - France)
- INSA Lyon - Institut National des Sciences Appliquées de Lyon (20 Avenue Albert Einstein,
69621 Villeurbanne cedex - France)
- Université de Lyon (92 rue Pasteur - CS 30122, 69361 Lyon Cedex 07 - France)
- INSA - Institut National des Sciences Appliquées (France)
- UCBL - Université Claude Bernard Lyon 1 (43, boulevard du 11 novembre 1918, 69622 Villeurbanne cedex - France)
- Université de Lyon (92 rue Pasteur - CS 30122, 69361 Lyon Cedex 07 - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR5220 (France)
- INSERM - Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale : U1206 (101, rue de Tolbiac, 75013 Paris - France)
Abstract : This paper describes the creation of a comprehensive conceptualization of object models used in medical image simulation, suitable for major imaging modalities and simulators. The goal is to create an application ontology that can be used to annotate the models in a repository integrated in the Virtual Imaging Platform (VIP), to facilitate their sharing and reuse. Annotations make the anatomical, physiological and pathophysiological content of the object models explicit. In such an interdisciplinary context we chose to rely on a common integration framework provided by a foundational ontology, that facilitates the consistent integration of the various modules extracted from several existing ontologies, i.e. FMA, PATO, MPATH, RadLex and ChEBI. Emphasis is put on methodology for achieving this extraction and integration. The most salient aspects of the ontology are presented, especially the organization in model layers, as well as its use to browse and query the model repository.
Document type :
Journal articles
Domain :
Complete list of metadata
https://www.hal.inserm.fr/inserm-01062371
Contributor : Lotfi Senhadji <>
Submitted on : Tuesday, September 9, 2014 - 4:41:43 PM
Last modification on : Thursday, January 14, 2021 - 11:25:37 AM
Long-term archiving on: : Wednesday, December 10, 2014 - 2:10:15 PM
Contributor : Lotfi Senhadji <>
Submitted on : Tuesday, September 9, 2014 - 4:41:43 PM
Last modification on : Thursday, January 14, 2021 - 11:25:37 AM
Long-term archiving on: : Wednesday, December 10, 2014 - 2:10:15 PM
File
ontovip-for-hal.pdf
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Identifiers
- HAL Id : inserm-01062371, version 1
- PUBMED : 25038553
- PUBMEDCENTRAL : PMC5943577
- DOI : 10.1016/j.jbi.2014.07.008
Collections
UNIV-RENNES1 | INSERM | CNRS | UNICE | CEA | LTSI | I3S | CREATIS | HCL | SCD-UHA | PRIMES_WP4 | PRIMES_WP5 | PRIMES | DRT | INSA-LYON | UNIV-COTEDAZUR | UNIV-LYON1 | UNIV-ST-ETIENNE | LETI | SITE-ALSACE | UNIV-RENNES | INSA-GROUPE | CEA-GRE | UDL
Citation
Bernard Gibaud, Germain Forestier, Hugues Benoit-Cattin, Frédéric Cervenansky, Patrick Clarysse, et al.. OntoVIP: An ontology for the annotation of object models used for medical image simulation.. Journal of Biomedical Informatics, Elsevier, 2014, 52, pp.279-92. ⟨10.1016/j.jbi.2014.07.008⟩. ⟨inserm-01062371⟩
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