Cet article de tonalité théorique vise à dresser un état des lieux des dernières avancées en ingénierie des connaissances médicales dans le domaine spécifique de la conception d'ontologies et systèmes à base de connaissances. Reprenant des débats ayant animé le paysage de l'intelligence artificielle (IA) à partir des années 1960, sous l'impulsion des travaux de H. L. Dreyfus, il vise notamment à montrer que la plupart des difficultés aujourd'hui rencontrées par l'ingénierie des connaissances dans le domaine de la santé sont inhérentes à la nature même de l'IA, en tant que projet de mécanisation de l'activité cognitive. Et il promeut à ce titre l'idée que seule une juste compréhension de ce que les machines ne peuvent faire, étant donné leur caractère machinique même, et qui reste, malgré sa finitude cognitive, une propriété exclusive de l'humain, pourra offrir d'équilibrer la balance entre les tâches allouables aux machines et celles laissées à la charge de ce dernier.