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Journal articles
GPSy: a cross-species gene prioritization system for conserved biological processes--application in male gamete development.
Ramona Britto
1
Olivier Sallou
2, 3
Olivier Collin
2, 3
Grégoire Michaux
4
Michael Primig
5
Frédéric Chalmel
5, *
*
Corresponding author
2
Plateforme bioinformatique GenOuest [Rennes]
IRISA-D7 - GESTION DES DONNÉES ET DE LA CONNAISSANCE, UR1 - Université de Rennes 1, Plateforme Génomique Santé Biogenouest®, Inria Rennes – Bretagne Atlantique
5
Transcriptional networks in gametogenesis and cancer
Irset - Institut de recherche en santé, environnement et travail
Ramona Britto 1
Author
Olivier Sallou 2, 3
Author IdHAL : osallou
Olivier Collin 2, 3
Author IdHAL : olivier-collin ORCID : https://orcid.org/0000-0002-8959-8402
Grégoire Michaux 4
Author IdHAL : gregoire-michaux ORCID : https://orcid.org/0000-0003-1222-5461
Michael Primig 5
Author
Frédéric Chalmel 5
Correspondent author IdHAL : fchalmel ResearcherId : http://www.researcherid.com/rid/L-5360-2018 ORCID : https://orcid.org/0000-0002-0535-3628
1
Irset - Institut de recherche en santé, environnement et travail (263 avenue Général Leclerc 35042 Rennes Cedex - France)
- UA - Université d'Angers (Université d'Angers - 40 Rue de Rennes, BP 73532 - 49035 Angers CEDEX 01 - France)
- UR1 - Université de Rennes 1 (2 rue du Thabor - CS 46510 - 35065 Rennes cedex - France)
- UNIV-RENNES - Université de Rennes (France)
- EHESP - École des Hautes Études en Santé Publique [EHESP] (15, avenue du Pr. Léon Bernard - 35043 Rennes Cedex - France)
- INSERM - Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale : U1085 (101, rue de Tolbiac, 75013 Paris - France)
- Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique - Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes (Université Rennes 1 - Campus Santé Villejean - 2, avenue Professeur Léon Bernard 35043 Rennes cedex - France)
2
Plateforme bioinformatique GenOuest [Rennes] (France)
- IRISA-D7 - GESTION DES DONNÉES ET DE LA CONNAISSANCE (France)
- IRISA - Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (Avenue du général Leclerc
Campus de Beaulieu
35042 RENNES CEDEX - France)
- INSA Rennes - Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (20, avenue des Buttes de Coësmes - CS 70839 - 35708 Rennes cedex 7 - France)
- UBS - Université de Bretagne Sud (BP 92116 - 56321 Lorient cedex - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR6074 (France)
- ENS Rennes - École normale supérieure - Rennes (Campus de Ker Lann - avenue Robert Schuman - 35170 Bruz - France)
- Inria - Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Domaine de Voluceau Rocquencourt - BP 105 78153 Le Chesnay Cedex - France)
- Télécom Bretagne (Technopôle Brest-Iroise CS 83818 29238 BREST Cedex 3 - France)
- UR1 - Université de Rennes 1 (2 rue du Thabor - CS 46510 - 35065 Rennes cedex - France)
- UNIV-RENNES - Université de Rennes (France)
- CentraleSupélec (3, rue Joliot Curie, Plateau de Moulon, 91192 GIF-SUR-YVETTE Cedex - France)
- IRISA - Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (Avenue du général Leclerc
Campus de Beaulieu
35042 RENNES CEDEX - France)
- UR1 - Université de Rennes 1 (2 rue du Thabor - CS 46510 - 35065 Rennes cedex - France)
- UNIV-RENNES - Université de Rennes (France)
- Plateforme Génomique Santé Biogenouest® (France)
- Inria Rennes – Bretagne Atlantique (Campus de beaulieu
35042 Rennes cedex - France)
- Inria - Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Domaine de Voluceau Rocquencourt - BP 105 78153 Le Chesnay Cedex - France)
3
SED [Rennes] - Service Expérimentation et Développement (Campus de Beaulieu 35042 Rennes cedex - France)
- Inria Rennes – Bretagne Atlantique (Campus de beaulieu
35042 Rennes cedex - France)
- Inria - Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Domaine de Voluceau Rocquencourt - BP 105 78153 Le Chesnay Cedex - France)
- IRISA - Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires (Campus universitaire de Beaulieu - 35042 Rennes - France)
- UR1 - Université de Rennes 1 (2 rue du Thabor - CS 46510 - 35065 Rennes cedex - France)
- UNIV-RENNES - Université de Rennes (France)
- INSA Rennes - Institut National des Sciences Appliquées - Rennes (20, avenue des Buttes de Coësmes - CS 70839 - 35708 Rennes cedex 7 - France)
- Inria - Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Domaine de Voluceau Rocquencourt - BP 105 78153 Le Chesnay Cedex - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR6074 (France)
- UR1 - Université de Rennes 1 (2 rue du Thabor - CS 46510 - 35065 Rennes cedex - France)
4
IGDR - Institut de Génétique et Développement de Rennes (Faculté de Médecine - CS 34317 2 Av du Professeur Léon Bernard 35043 Rennes Cedex - France)
- UR1 - Université de Rennes 1 (2 rue du Thabor - CS 46510 - 35065 Rennes cedex - France)
- UNIV-RENNES - Université de Rennes (France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR6290 (France)
- Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique - Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes (Université Rennes 1 - Campus Santé Villejean - 2, avenue Professeur Léon Bernard 35043 Rennes cedex - France)
5
Transcriptional networks in gametogenesis and cancer (France)
- Irset - Institut de recherche en santé, environnement et travail (263 avenue Général Leclerc 35042 Rennes Cedex - France)
- UA - Université d'Angers (Université d'Angers - 40 Rue de Rennes, BP 73532 - 49035 Angers CEDEX 01 - France)
- UR1 - Université de Rennes 1 (2 rue du Thabor - CS 46510 - 35065 Rennes cedex - France)
- UNIV-RENNES - Université de Rennes (France)
- EHESP - École des Hautes Études en Santé Publique [EHESP] (15, avenue du Pr. Léon Bernard - 35043 Rennes Cedex - France)
- INSERM - Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale : U1085 (101, rue de Tolbiac, 75013 Paris - France)
- Biosit : Biologie - Santé - Innovation Technologique - Structure Fédérative de Recherche en Biologie et Santé de Rennes (Université Rennes 1 - Campus Santé Villejean - 2, avenue Professeur Léon Bernard 35043 Rennes cedex - France)
Abstract : We present gene prioritization system (GPSy), a cross-species gene prioritization system that facilitates the arduous but critical task of prioritizing genes for follow-up functional analyses. GPSy's modular design with regard to species, data sets and scoring strategies enables users to formulate queries in a highly flexible manner. Currently, the system encompasses 20 topics related to conserved biological processes including male gamete development discussed in this article. The web server-based tool is freely available at http://gpsy.genouest.org.
Document type :
Journal articles
Complete list of metadata
https://www.hal.inserm.fr/inserm-00696905
Contributor : Hervé de Villemeur <>
Submitted on : Monday, May 14, 2012 - 10:11:29 AM
Last modification on : Thursday, March 18, 2021 - 10:08:02 AM
Long-term archiving on: : Wednesday, August 15, 2012 - 2:26:22 AM
Contributor : Hervé de Villemeur <>
Submitted on : Monday, May 14, 2012 - 10:11:29 AM
Last modification on : Thursday, March 18, 2021 - 10:08:02 AM
Long-term archiving on: : Wednesday, August 15, 2012 - 2:26:22 AM
File
nar.gks380.full.pdf
Publisher files allowed on an open archive
Identifiers
- HAL Id : inserm-00696905, version 1
- PUBMED : 22570409
- DOI : 10.1093/nar/gks380
Collections
INSERM | CNRS | INRIA | IRISA | IGDR | IRSET | UNIV-RENNES1 | BIOSIT | IRISA-D7 | UR1-UFR-SVE | INSTITUT-TELECOM | UR1-UFR-ISTIC | IRSET-7 | IRSET-8 | UNIV-ANGERS | UNIV-RENNES | INSA-GROUPE | INSA-RENNES
Citation
Ramona Britto, Olivier Sallou, Olivier Collin, Grégoire Michaux, Michael Primig, et al.. GPSy: a cross-species gene prioritization system for conserved biological processes--application in male gamete development.. Nucleic Acids Research, Oxford University Press, 2012, 40 (W1), pp.W458-W465. ⟨10.1093/nar/gks380⟩. ⟨inserm-00696905⟩
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