Les structures tridimensionnelles (3D) des protéines sont le support de leurs fonctions biologiques. Pour mieux comprendre les règles gouvernant l'état replié et donc à terme prédire cet état à partir de la séquence, une description fine des structures 3D est nécessaire. Celles-ci sont souvent représentées à l'aide des structures secondaires, les hélices et les feuillets , laissant 50% des résidus affectés à des états non précisément caractérisés, les boucles. Cette simplification ne permet pas de reconstruire la structure 3D. Une vision nouvelle a donc émergé, les alphabets structuraux, ensemble de petits fragments protéiques prototypes qui permettent d'approximer l'ensemble des structures locales des protéines.