A genome-wide association study identifies susceptibility loci for primary central nervous system lymphoma at 6p25.3 and 3p22.1: a LOC Network study - Faculté de Santé de Sorbonne Université Accéder directement au contenu
Article Dans Une Revue Neuro-Oncology Année : 2019

A genome-wide association study identifies susceptibility loci for primary central nervous system lymphoma at 6p25.3 and 3p22.1: a LOC Network study

Karim Labreche (1) , Mailys Daniau (2) , Amit Sud (1) , Philip J Law (1) , Louis Royer-Perron (3) , Amy Holroyd (4) , Peter Broderick (5) , Molly Went (1) , Marion Benazra (2) , Guido Ahle (6) , Pierre Soubeyran (7) , Luc Taillandier (8) , Olivier Chinot (9) , Olivier Casasnovas (10) , Jacques-Olivier Bay (11) , Fabrice Jardin (12) , Lucie Oberic (13) , Michel Fabbro (14) , Gandhi Damaj (15) , Annie Brion (16) , Karima Mokhtari (17) , Cathy Philippe (18) , Marc Sanson (19) , Caroline Houillier (20) , Carole Soussain (21) , Khê Hoang-Xuan (22) , Richard Houlston (1) , Agusti Alentorn (2) , Marie-Pierre Moles-Moreau (23) , Rémy Gressin (24) , Franck Morschhauser (25) , Philippe Agapé , Arnaud Jaccard (26) , Hervé Ghesquières (27) , Adrian Tempescul (28) , Emmanuel Gyan (29) , Jean-Pierre Marolleau (30) , Roch Houot (31) , Luc Fornecker (32) , Anna-Luisa Di Stefano (2) , Ines Detrait (3) , Amithys Rahimian (3) , Mark Lathrop (33) , Diane Genet , Frederic C Davi (20) , Nathalie Cassoux (34) , Valérie Touitou (20) , Sylvain Choquet (20) , Anne Vital (35) , Marc Polivka (36) , Dominique Figarella-Branger (37) , Alexandra Benouaich-Amiel (38) , Chantal Campello (39) , Fréderic Charlotte (20) , Nadine Martin-Duverneuil (19) , Loïc Feuvret (20) , Aurélie Kas (40) , Soledad Navarro (20) , Chiara Villa (41) , Franck Bielle (2) , Fabrice Chrétien , Marie Christine Tortel , Guillaume Gauchotte (42) , Emmanuelle Uro-Coste (43) , Catherine Godfrain , Valérie Rigau (44) , Myrto Costopoulos (20) , Magalie Le Garff-Tavernier , David Meyronnet (45) , Audrey Rousseau (20) , Clovis Adam (46) , Thierry Lamy (47) , Cécile Chabrot (48) , Eileen Boyle (49) , Marie Blonski (50) , Anna Schmitt (51)
1 The institute of cancer research [London]
2 ICM - Institut du Cerveau et de la Moëlle Epinière = Brain and Spine Institute
3 ICM - Institut du Cerveau = Paris Brain Institute
4 Microsoft Research [Redmond]
5 Cancer Genetics
6 Service de Neurologie [Hôpitaux Civils de Colmar]
7 Plateforme de génétique moléculaire des cancers d'Aquitaine
8 CRAN - Centre de Recherche en Automatique de Nancy
9 CRO2 - Centre de Recherches en Oncologie biologique et Oncopharmacologie
10 Service d'Hématologie Clinique (CHU de Dijon)
11 CHELTER - Role of intra-Clonal Heterogeneity and Leukemic environment in ThErapy Resistance of chronic leukemias
12 GPMCND - Génomique et Médecine Personnalisée du Cancer et des Maladies Neuropsychiatriques
13 IUCT Oncopole - UMR 1037 - Institut Universitaire du Cancer de Toulouse - Oncopole
14 ICM - UNICANCER - Institut régional du Cancer Montpellier Val d'Aurelle
15 Laboratoire d'Hématologie [CHU Amiens]
16 Service d'hématologie
17 USTO MB - Université des sciences et de la Technologie d'Oran Mohamed Boudiaf [Oran]
18 IRCM - Institut de Radiobiologie Cellulaire et Moléculaire
19 CRICM - Centre de Recherche de l'Institut du Cerveau et de la Moelle épinière
20 CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP]
21 CRLCC René Huguenin - CRLCC René Huguenin
22 Biologie des Interactions Neurones / Glie
23 Laboratoire d'hématologie [Rouen]
24 INSERM U823 - Institut d'oncologie/développement Albert Bonniot de Grenoble
25 EA 1049 - Biophysique, Médecine Nucléaire et Technologies Médicales
26 CRIBL - Contrôle de la Réponse Immune B et des Lymphoproliférations
27 Hôpital Edouard Herriot [CHU - HCL]
28 CHU-Brest-Hemato - CHRU Brest - Service d'Hématologie
29 Service d'hématologie [Tours]
30 Service clinique des Maladies du Sang
31 Centre Hospitalier Universitaire de Rennes [CHU Rennes] = Rennes University Hospital [Ponchaillou]
32 LSMBO - Laboratoire de Spectrométrie de Masse BioOrganique [Strasbourg]
33 McGill University = Université McGill [Montréal, Canada]
34 Institut Curie [Paris]
35 IMN - Institut des Maladies Neurodégénératives [Bordeaux]
36 Hôpital Lariboisière
37 ACPNP - Service d'Anatomo-Cyto-Pathologie et de NeuroPathologie [Hôpital de la Timone - APHM]
38 CHU Toulouse - Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse
39 CHU Nîmes - Centre Hospitalier Universitaire de Nîmes
40 LIB - Laboratoire d'Imagerie Biomédicale [Paris]
41 U894 - Centre de Psychiatrie et Neurosciences
42 Service d'Oto-Rhino-Laryngologie et de Chirurgie Cervico-Faciale [CHRU Nancy]
43 IMFT - Institut de mécanique des fluides de Toulouse
44 Service de Biopathologie [CHRU Montpellier]
45 UNICANCER/CRCL - Centre de Recherche en Cancérologie de Lyon
46 AP-HP Hôpital Bicêtre (Le Kremlin-Bicêtre)
47 Service d'hématologie clinique
48 CHU Estaing [Clermont-Ferrand]
49 Hôpital Claude Huriez [Lille]
50 Service de Neuro-Oncologie [CHRU Nancy]
51 Institut Bergonié [Bordeaux]
Peter Broderick
  • Fonction : Auteur
  • PersonId : 913493
Caroline Houillier
  • Fonction : Auteur
  • PersonId : 893167
Richard Houlston
  • Fonction : Auteur
  • PersonId : 880910
Philippe Agapé
  • Fonction : Auteur
Hervé Ghesquières
  • Fonction : Auteur
  • PersonId : 758237
  • IdRef : 067203779
Adrian Tempescul
  • Fonction : Auteur
  • PersonId : 908115
Emmanuel Gyan
Jean-Pierre Marolleau
  • Fonction : Auteur
  • PersonId : 887235
  • IdRef : 06981676X
Diane Genet
  • Fonction : Auteur
Fabrice Chrétien
  • Fonction : Auteur
  • PersonId : 911542
Marie Christine Tortel
  • Fonction : Auteur
Catherine Godfrain
  • Fonction : Auteur
Magalie Le Garff-Tavernier
  • Fonction : Auteur
Audrey Rousseau
  • Fonction : Auteur
  • PersonId : 918655
Eileen Boyle

Résumé

Background: Primary central nervous system lymphoma (PCNSL) is a rare form of extra-nodal non-Hodgkin lymphoma. PCNSL is a distinct subtype of non-Hodgkin lymphoma, with over 95% of tumors belonging to the diffuse large B-cell lymphoma (DLBCL) group. We have conducted a genome-wide association study (GWAS) on immunocompetent patients to address the possibility that common genetic variants influence the risk of developing PCNSL. Methods: We performed a meta-analysis of 2 new GWASs of PCNSL totaling 475 cases and 1134 controls of European ancestry. To increase genomic resolution, we imputed >10 million single nucleotide polymorphisms using the 1000 Genomes Project combined with UK10K as reference. In addition we performed a transcription factor binding disruption analysis and investigated the patterns of local chromatin by Capture Hi-C data. Results: We identified independent risk loci at 3p22.1 (rs41289586, ANO10, P = 2.17 × 10-8) and 6p25.3 near EXOC2 (rs116446171, P = 1.95 x 10-13). In contrast, the lack of an association between rs41289586 and DLBCL suggests distinct germline predisposition to PCNSL and DLBCL. We found looping chromatin interactions between noncoding regions at 6p25.3 (rs11646171) with the IRF4 promoter and at 8q24.21 (rs13254990) with the MYC promoter, both genes with strong relevance to B-cell tumorigenesis. Conclusion: To our knowledge this is the first study providing insight into the genetic predisposition to PCNSL. Our findings represent an important step in defining the contribution of common genetic variation to the risk of developing PCNSL.

Dates et versions

hal-02328989 , version 1 (23-10-2019)

Identifiants

Citer

Karim Labreche, Mailys Daniau, Amit Sud, Philip J Law, Louis Royer-Perron, et al.. A genome-wide association study identifies susceptibility loci for primary central nervous system lymphoma at 6p25.3 and 3p22.1: a LOC Network study. Neuro-Oncology, 2019, 21 (8), pp.1039-1048. ⟨10.1093/neuonc/noz088⟩. ⟨hal-02328989⟩
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