Network analysis of genomic and clinical data - Institut Curie Accéder directement au contenu
Thèse Année : 2019

Network analysis of genomic and clinical data

Reconstruction de réseaux à partir de données génomiques et cliniques

Résumé

This thesis consists in the development of a novel methodological approach to reconstruct networks starting from biological and clinical data. It overcomes some technical and computational problems of existing methods to accomplish this task. Our algorithm (MIIC), allows the study of discrete, continuous and mixed datasets with any type of probability and density distributions, including the possible presence of latent variables, which are very important in real contexts where it is not always possible to collect all relevant variables. MIIC is available through a web interface at the address: https://miic.curie.fr, and as an R package available on CRAN. The second part of the thesis is devoted to the analysis of real life applications: from gene regulatory network reconstruction and protein contact map reconstruction, to the study of clinical records of patients affected by cognitive disorders or breast cancer. MIIC can help physicians in visualizing and analysing direct, indirect and possibly causal effects from patient medical records, discovering novel unexpected direct interdependencies between clinically relevant information or explaining a missing connection through other links found in the reconstruction.
Cette thèse consiste au développement d’une nouvelle approche méthodologique pour reconstruire les réseaux à partir de données biologiques et cliniques qui surmonte certains problèmes techniques et informatiques des méthodes existantes pour accomplir cette tâche. Notre algorithme (MIIC), permet l'étude d'ensembles de données discrètes, continues et mixtes avec tout type de distributions de probabilité et de densité, y compris la présence possible de variables latentes, qui sont très importantes dans des contextes réels où il n'est pas toujours possible de collecter toutes les variables pertinentes. MIIC est disponible par le biais d'une interface Web à l'adresse suivante: https://miic.curie.fr, et sous la forme d'un paquet R disponible sur CRAN. La deuxième partie de la thèse est consacrée à l'analyse d'applications réelles: de la reconstruction d'un réseau de régulation génétique et une carte de contact des protéines, à l'étude des dossiers cliniques de patients atteints de troubles cognitifs ou de cancer du sein. MIIC peut aider les médecins à visualiser et à analyser les effets directs, indirects et éventuellement causaux des dossiers médicaux des patients, à découvrir de nouvelles interdépendances directes inattendues entre des informations cliniquement pertinentes ou à expliquer une connexion manquante par d'autres liens trouvés dans la reconstruction.
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Origine : Version validée par le jury (STAR)

Dates et versions

tel-03141274 , version 1 (15-02-2021)

Identifiants

  • HAL Id : tel-03141274 , version 1

Citer

Nadir Sella. Network analysis of genomic and clinical data. Bioinformatics [q-bio.QM]. Sorbonne Université, 2019. English. ⟨NNT : 2019SORUS351⟩. ⟨tel-03141274⟩
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